آزمایشگاه شیمی محاسباتی و مرکز کامپیوتر

کمومتریکس يا شيمی سنجی در حقيقت کاربرد علوم آمار، کامپيوتر و رياضی در شيمی می باشد. از روشهای ذکر شده برای درک بهتر اطلاعات شيميايی که در آزمايشگاه بدست مي آيد استفاده می شود، به اين صورت که با استفاده از آناليز داده های شيميايی بدست آمده اطلاعات مفيد استخراج می شود با توجه به اين اطلاعات می توان آزمايش های مورد نظر با بازدهی بهتر را طراحي کرد.کاربرد روشهای رياضی در شيمی سابقه ديرين دارد ولی با توجه به پيشرفت علوم کامپيوتر و کاربرد آن در علوم روشهای کمومتريکس در دهه اخير پيشرفت بسيار داشته است.
کمومتریکس درشاخه های مختلف شیمی مورد استفاده قرارمی گیـرد که بـرخی از این کاربردها شامل کنترل فرآیندها، تجزیه و تحلیل و شناخت الگوها، پردازش علائم و بهینه کردن شرایط می باشد . یکی از زمینه های مهم کاربرد کمومتریکس در مطالعاتی است که خواص مولکولها را به ویژگی های ساختاری آنها نسبت می دهد. ازنظر شیمیدانان فعالیت و خواص یک ترکیب ناشی از ویژگی های ساختاری آن است. این نوع از مطالعات به بررسی کمی ارتباط ساختمان با فعالیت، QSAR، و همچنین بررسی کمی ارتباط ساختمان با ویژگی، QSPR، معروف می‌باشد.

هدف از مطالعات QSAR پیداکردن رابطه ای است که بین رفتار فیزیک و شیمیایی یک مولکول با پارامترهای ساختاری آن وجود دارد .نتایج این مطالعات علاوه بر شفاف سازی نحوه ارتباط بین خواص مولکول ها و ویژگی های ساختمانی آنها به پژوهشگران در پیش بینی رفتار مولکول های جدید براساس رفتار مولکول های مشابـه کمک می کند. به مجموعـه ابــزارها و روشهایـی که به این منظـور مـورد استفـاده قرار می گیرند روش های پارامتری گویند. در روشهای پارامتری سعی می شود بین یک سری توصیف کننده های مولکولی با فعالیت یا خاصیت مورد نظر ارتباط منطقی برقرار شود. توصیف کننده های مولکولی که به این منظور استفاده می شوند، مقادیر عددی می باشند که جنبه های مختلف ساختاری مولکول را به طور کمی نشان می دهند.

ترکیب دارویی اغلب یک مولکول کوچک آلی است که تحت عنوان لیگاند نامبرده می شود که به مولکول هدف پروتئینی متصل شده و سبب ایجاد اثر درمانی ویژه می گردد. داکینگ کامپیوتری یا داکینگ با استفاده از ابزار کامپیوتری روشی بسیار موثر در جهت شناخت برهمکنشهای پروتئین-لیگاند می باشد که روشی نوین و سودمند در طراحی دارو می باشد.
داکینگ کامپیوتری فرایندی است که به منظور پیش بینی مکان و میزان اتصال لیگاند به جایگاه اتصال پروتئین مورد استفاده قرار می گیرد. روشهای داکینگ با تکیه بر الگوریتمهای جستجو، جهت محاسبه نحوه و جایگاه اتصال لیگاند به پاکت اتصالی پروتئین و فرایندهای رتبه بندی که میزان و قدرت اتصال لیگاند با پروتئین را تخمین میزند، محاسبات را انجام می دهد.
با توجه به در دسترس بودن ساختار کریستالوگرافی پروتئینهای مختلف، با استفاده از روشهای مطالعات داکینگ می توان گامهای موفقی در زمینه طراحی منطقی و دستیابی به داروهای موثر برداشت. بدین منظور از روشهای مختلفی بهره گرفته می شود که از مهمترین آنها می توان به غربالگری مجازی (Vs) به منظور شناسایی یک مولکول موثر دارویی و روشهای مختلف بهینه سازی ساختار آن و طراحی فارماکوفور اشاره نمود.
در پروژه های جاری مرکز تحقیقات شیمی دارویی و گیاهی، نرم افزارهای مختلفی به منظور مطالعات طراحی دارو، داکینگ و شبیه سازی استفاده می شود که به تعدادی از آنها اشاره می گردد:
1-    GROMACS
2-    (AutoDock (4.2
3-    AutoDock Vina
4-    PyRx
5-    MGL Tools
6-    Pymol
7-    VMD
8-    Viewer lite
9-    swiss pdb viewer
10-    LigPlot
11-    Chimera
12-    Modeler

 




 

 
مركز تحقيقات  شیمی دارویی و گیاهی
دانشگاه علوم پزشكي شيراز
آدرس: شيراز- خيابان نشاط - کوچه پشت استانداری - مرکز تحقیقات شیمی دارویی و گیاهی 
تلفن: 32303872
فكس: 32332225
کدپستی: 7134853734
پست الکترونیک: mncrc@sums.ac.ir 
 

  کارگاه ها و همایش ها
آینده   
ب
رگزار شده

دکترای تخصصی پژوهشی
معرفی

 آیین نامه ها و فرم ها
آیین نامه های دکترای تخصصی پژوهشی

  پیوندهای مفید
لینک های مرتبط