مرکز تحقیقات دارای چهار آزمایشگاه شیمی تجزیه گیاهی و ترکیبات طبیعی و دارویی بوده که در آنها ترکیبات موجود در گیاهان دارویی، داروهای سنتزی و موجودات دریایی تجزیه شیمیایی می گردند. این آزمایشگاهها دارای انواع دستگاه های کروماتوگرافی و طیف سنجی از جمله کروماتوگرافی گازی (GC)، کروماتوگرافی مایع با کارکرد بالا(HPLC) و کروماتوگرافی گازی - طیف نگار جرمی (GC-MS) و گروماتوگرافی مایع - طیف نگار جرمی (LC-MC) می باشد.