ترکیب دارویی اغلب یک مولکول کوچک آلی است که تحت عنوان لیگاند نامبرده می شود که به مولکول هدف پروتئینی متصل شده و سبب ایجاد اثر درمانی ویژه می گردد. داکینگ کامپیوتری یا داکینگ با استفاده از ابزار کامپیوتری روشی بسیار موثر در جهت شناخت برهمکنشهای پروتئین-لیگاند می باشد که روشی نوین و سودمند در طراحی دارو می باشد.

داکینگ کامپیوتری فرایندی است که به منظور پیش بینی مکان و قدرت اتصال لیگاند به جایگاه اتصال پروتئین مورد استفاده قرار می گیرد. روشهای داکینگ با تکیه بر الگوریتمهای جستجو، جهت محاسبه نحوه و جایگاه اتصال لیگاند به پاکت اتصالی پروتئین و فرایندهای رتبه بندی که میزان و قدرت اتصال لیگاند با پروتئین را تخمین میزند، محاسبات را انجام می دهد.

با توجه به در دسترس بودن ساختار کریستالوگرافی پروتئینهای مختلف، با استفاده از روشهای  داکینگ مولکولی می توان گامهای موفقی در زمینه طراحی منطقی و دستیابی به داروهای موثر برداشت. بدین منظور از روشهای مختلفی بهره گرفته می شود که از مهمترین آنها می توان به غربالگری مجازی (Virtual screening) به منظور شناسایی یک مولکول موثر دارویی و روشهای مختلف بهینه سازی ساختار آن و طراحی فارماکوفور اشاره نمود.

مرکز تحقیقات شیمی دارویی و گیاهی مجهز به یک سرور محاسباتی GPU می باشد که سرعت و دقت انجام شبیه سازی های دینامیک مولکولی را بسیار افزایش داده است. 

در پروژه های جاری مرکز تحقیقات شیمی دارویی و گیاهی، نرم افزارهای مختلفی به منظور مطالعات طراحی دارو، داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده می شود که به تعدادی از آنها اشاره می گردد:

۱- GROMACS

۲-  Amber

۳- GOLD 

۴- smina 

۵- (AutoDock (۴.۲

۶- AutoDock Vina

۷- MGL Tools

۸- Pymol

۹- VMD

۱۰- Chimera